20.04.2012 19 апреля 2012 года, в четверг Светлой седмицы, патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев) совершил чин малого освящения Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца в Кронштадте, а затем возглавил в храме служение Божественной литургии.
Его Святейшеству сослужили: митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир; епископ Гатчинский Амвросий; епископ Петергофский Маркелл; епископ Солнечногорский Сергий; епископ Выборгский Назарий; схиархимандрит Илий (Ноздрин); архимандрит Мстислав (Дячина); протоиерей Святослав Мельник, настоятель собора Владимирской иконы Божией Матери и Никольского Морского собора г. Кронштадта; клирики Санкт-Петербургской епархии.
За богослужением пел хор Исаакиевского собора г. Санкт-Петербурга (регент Лев Дунаев).
К визиту Его Святейшества были воссозданы уникальные интерьеры Никольского Морского собора, а также изготовлены по первоначальным эскизам предметы церковной утвари — кадила, дарохранительницы, евхаристические сосуды, напрестольное Евангелие, использовавшиеся за Патриаршим богослужением.
Храм не смог вместить всех желающих, и для многочисленных жителей Кронштадта и военных моряков богослужение транслировалось на экранах, установленных на Якорной площади вблизи собора.
По окончании Литургии Святейший Патриарх Кирилл обратился к верующим с Первосвятительским словом, а затем вручил высокие церковные награды ряду лиц, особо потрудившихся в деле воссоздания храма военно-морской славы.
В дар Никольскому собору Предстоятель Русской Церкви передал икону «Крещение Руси».
После осмотра Никольского собора президент Д.А. Медведев и патриарх Кирилл проследовали на Якорную площадь, где обратились с приветственными словами к высшему командованию и морякам ВМФ России, жителям и гостям г. Кронштадта.
Далее состоялся прием, в заключение которого патриарх Кирилл огласил свое решение о присвоении Кронштадтскому Никольскому Морскому собору ставропигиального статуса. Архипастырское попечение о текущей деятельности собора — богослужебной жизни, образовательной, социальной, культурной работе — было поручено митрополиту Санкт-Петербургскому Владимиру.
По благословению Его Святейшества богослужения в соборе будут совершаться еженедельно: в субботу, воскресенье и дни церковных праздников; а в перспективе — ежедневно. Полное освящение Никольского Морского собора планируется совершить в 2013 году — к 100-летию со дня первого освящения храма.
Предстоятель Русской Церкви напомнил, что в свое время в соборе пел только хор военных моряков, и выразил надежду, что и в наши дни хор Балтийского флота будет участвовать в особо торжественных службах, подобно тому, как хор кубанских казаков сопровождает Патриаршие богослужения в Краснодарском крае.
Благотворителям и руководителям подрядных организаций, принявших участие в восстановлении собора, были вручены Патриаршие и государственные награды.
В этот же день патриарх вылетел из Санкт-Петербурга в Москву.