Ученые степени в духовных учебных заведениях были учреждены в начале XIX века в результате попытки согласования уставов духовных академий с общегосударственными нормами присвоения ученых степеней.
Первая попытка такого согласования произошла в 1814 года. В результате священнослужителям по единым правилам стали присуждать ученые степени «кандидат богословия», «магистр богословия» и «доктор богословия». Первые две из них присваивались выпускникам духовных академий по результатам учебы и полученным знаниям. Степень доктора богословия могла быть присуждена только на основании защиты диссертации.
В 1869 г. был принят новый устав духовных академий, а с ним и новый порядок присвоения степеней. Степень кандидата богословия стала присваиваться студентам, окончившим три, а магистерская – четыре курса обучения. Эти степени обозначили лишь разные классы академических дипломов.
С 1884 г. наиболее успешно окончившим духовные академии присваивались степени, а остальным - звания «действительный студент», что было идентично университетским дипломам. Магистерская степень в этом случае была свидетельством получения высшего богословского образования. С 1884 г. по результатам защиты диссертаций присуждались степени: «доктор богословия», «доктор церковной истории» и «доктор канонического права», хотя были и исключения.