Исаакиевская пустынь Соловецкого монастыря известна с XVIII века. Свое название она получила от находившейся здесь деревянной часовни во имя преподобного Исаакия Далматского - подвижника древнехристианской Церкви (+383 г.). Пустынь расположена в двух километрах от Секирной горы, на берегу Исаковского озера.
Основными послушаниями монахов и трудников, поселявшихся здесь, являлись заготовка сена и рыбная ловля. Были расчищены обширные луга - сенокосные угодья, дважды в день монастырские рыболовы проверяли поставленные в озере сети и садки. В XIX веке скит используется в основном как монастырский сельскохозяйственный комплекс Исаково.
В настоящее время из построек в Исакове сохранился двухэтажный деревянный жилой дом (1836), валунная баня на берегу озера и амбар (конец XIX века).
Во времена Соловецкого лагеря особого назначения в Исакове находились управление лесозаготовок и дорожная служба. На чердаке деревянного дома содержали отказников от работ.
После возрождения Соловецкой обители в 1990 году и с началом становления монастырского хозяйства постепенно осваиваются прежние сенокосные угодья в Исаково.