Свято-Сергиевский скит Соловецкого монастыря основан в XIX веке. На острове Большая Муксалма при архимандрите Феофане в 1873 - 1876 годах по проекту архангельского губернского архитектора Г. Кармина был построен храм во имя преподобного Сергия, игумена Радонежского. Своим обликом храм напоминал церковь Савватиевского скита. Четырехскатная кровля была увенчана главой, с западной стороны находилась шатровая колокольня. Храм полностью утрачен.
Сохранившиеся в настоящее время постройки скита относятся к началу XX века. В 1900 году, при архимандрите Иоанникии, по проекту архангельского архитектора Вуколова был построен деревянный двухэтажный дом, так называемый Сергиевский корпус. Он использовался для проживания монастырской братии и гостей. В 1901-1905 годах было возведено каменное здание для трудников с хозяйственными погребами. К нему примыкал большой скотный двор.
В 1905 году в скиту находились 13 монашествующих, 15-20 трудников. Свято-Сергиевский скит был одним из самых многочисленных по количеству насельников.
Монастырская ферма на острове Большая Муксалма была устроенная в XVI веке при игумене Филиппе. Здесь находились обширные луга, которые служили пастбищами для монастырского стада. По преданию, соловецкий первоначальник, преподобный Зосима, запретил разводить животных вблизи монастыря.
На острове Большая Муксалма находилась деревянная часовня во имя священномученика Власия, которого почитали как особого покровителя скотоводства (не сохранилась). Вероятно, в 1829 году она была перестроена и переименована в честь Рождества Христова, а позднее перенесена на остров Малая Муксалма. На горе Фавор, расположенной на восточном берегу острова, в конце XVIII века была сооружена часовня во имя Преображения Господня (разрушена в период Второй Мировой войны).
Долгое время продовольствие доставляли в монастырь на карбасах по морю. В 1865 - 1871 была сооружена валунная дамба, получившая название "Каменный мост". Длина ее составляет 1220 метров. Дамба соединяет острова Большая Муксалма и Большой Соловецкий. Руководил строительством этого уникального гидротехнического сооружения монах Феоктист.
В 20-30-е годы XX века на острове располагалось III отделение СЛОНа - Сельхоз. В период Великой Отечественной войны здесь размещался аэродром для гидросамолетов. В настоящее время сохранившиеся постройки скита не пригодны для проживания монастырской братии. Требуются восстановительные и реставрационные работы.
Праздники Свято-Сергиевского скита
- 5 июля / 18 июля - Обретение честных мощей преподобного Сергия, игумена Радонежского.
- 25 сентября / 8 октября - Преподобного Сергия, игумена Радонежского.