24.08.2023 24 августа 2023 года участники заседания Священного Синода Русской Православной Церкви, состоявшегося в Санкт-Петербурге, имели суждение о почитании останков, обретенных в поселке Старопышминске Свердловской области, как святых мощей священномученика Иоанна Плотникова (журнал № 67).
Порядок обретения мощей святых подвижников определен решением Священного Синода от 4 октября 2012 года (журнал № 94) и предполагает работу ученых специалистов (археологов, историков, антропологов и иных), о результатах которой докладывается патриарху Московскому и всея Руси. Вскрытие захоронения и обретение останков производится после получения благословения патриарха, которому докладывается о результатах вскрытия.
Имя диакона Иоанна Плотникова включено в поименный список Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской определением Священного Синода от 17 июля 2002 года.
Тело священномученика Иоанна Плотникова после его мученической кончины в 1918 году, было погребено на приходском кладбище Сретенского храма Пышминского завода (ныне поселок Старопышминск), где он служил с 1908 года. В советское время крест с могилы убрали, вместо него был положен большой камень, благодаря чему еще в 2000-х годах старожилы помнили и показывали это место. В 2022 году Следственным комитетом Российской Федерации было проведено обследование места захоронения. 12 ноября 2022 года по благословению патриарха Московского и всея Руси Кирилла состоялось обретение предположительных останков священномученика Иоанна Плотникова. В конце 2022 — начале 2023 года была проведена судебно-медицинская экспертиза, а также экспертиза вещей, найденных в захоронении. Эксперты пришли к выводу, что обретенные останки принадлежат священномученику Иоанну Плотникову.
Синод постановил считать останки, обретенные в поселке Старопышминске Свердловской области, святыми мощами священномученика Иоанна Плотникова и благословил их почитание в качестве таковых.