В официальном сообщении по поводу вынесенного владыке Иоанну приговора, опубликованном на сайте Сербской Церкви, говорится:
«Архиепископ Охридский и митрополит Скопский Иоанн, всемирно признанный канонический Предстоятель древней Охридской Архиепископии, после многолетних преследований, третирования, ареста и заключения — исключительно в силу его непоколебимой приверженности единству Церкви Христовой, принадлежности Вселенскому Православию в лоне Сербской Патриархии и последовательной исповеднической борьбы против раскольнического менталитета и антицерквеного этнофилетизма, — по ложным обвинениям в мнимом присвоении и растрате денег в результате политически мотивированного и искусственного квази-судебного процесса сталинского типа, организованного по нескрываемому призыву раскольнической организации, которая называет себя «Македонская Православная Церковь», в ходе нового судебного фарса в Велесе был осужден 11 мая на два с половиной года заключения. Это единственный пример в современной Европе, а может быть, и в цивилизованном мире в целом, когда государственные органы по заказу, грубейшим образом нарушая и собственное законодательство и международные нормы и конвенции, совершают насилие над Православной Церковью и её законным представителем. К счастью, на «суде» как наблюдатели присутствовали дипломаты и представители Православной Церкви, организаций и институций по защите прав человека и религиозной свободы, поэтому ответственные чиновники и общественность получили точное представление о природе спектакля, разыгранного в суде в Велесе.
Архиерейский Синод Сербской Православной Церкви, в каноническую юрисдикцию которой входит автономная Охридская Архиепископия, с глубоким негодованием осуждает это беспримерное насилие и гонение, проводимое под маской защиты правового порядка, молитвенно и с евангельской любовью непрестанно пребывает со своими братьями и сестрами в Охридской Архиепископии, а особенно с их Архипастырем, который с радостью принял и переносит страдания за веру предков и за единство Православной Церкви Христовой, и апеллирует ко всем сестринским Православным Церквам, ко всем христианским Церквам в мире, к Мировому Совету Церквей, Конференции европейских Церквей и другим христианским организациям, к духовным вождям великих мировых религий, к правительствам и надлежащим государственным органам демократических государств, к международным институциям, к институциям и организациям по защите прав человека и религиозных свобод и ко всем людям доброй воли оказать духовную, моральную, правовую и любую другую возможную поддержку заключенному совести архиепископу Иоанну и оказать содействие его скорейшему освобождению из тюрьмы».
Как сообщает македонское издание «Двеник», Иоанн (Вранишковский) во время повторного судебного процесса был вновь приговорен к 2,5 годам тюрьмы и выплате 250 тысяч евро в качестве компенсации непризнанной православным миром Македонской Православной Церкви и Фонду пенсионного и медицинского страхования Македонии.
Таким образом был подтвержден приговор от 16 октября 2009 г., вынесенный по этому же делу, согласно которому Иоанн (Вранишковский) был признан виновным в том, что в период с 24 июня 1998 г. по 9 июля 2002 г., будучи главой 3 епархий Македонской Православной Церкви (Преспанско-Пелагонийской, Повардарской и Брегальнической), он якобы незаконно присвоил 21 миллион денариев.
Согласно обвинению, на деньги, которые он получал от различных храмов и монастырей, Вранишковский покупал автомобили класса люкс, а затем перепродавал их, либо передавал близким людям. Для проведения финансовых махинаций он будто бы использовал гуманитарные организации и церковные фирмы, которыми руководили его родственники. Также, несмотря на подписанные соглашения, он не передал собранные им деньги в Фонд пенсионного и медицинского страхования Македонии.
«Все эти поступки последних десяти лет являются уголовными преступлениями с политической подоплекой и характером против меня. Об этом говорит и годовое извещение Госдепартамента США о правах человека и религиозной свободе, где упоминается и Православная Охридская архиепископия. По этой теме выступала и организация «Международная амнистия» в 2005 г. Причина в том, что я и Православная Охридская архиепископия остаемся на условиях Нишского договора 2002 г.», — заявил на процессе Иоанн (Вранишковский), спросив судей, почему не расследуется деятельность ряда иерархов Македонской Православной Церкви, финансовая чистота которых вызывает подозрения.
Приговор, вынесенный против владыки Иоанна в октябре 2009 г. Велесским городским судом, был подтвержден Верховным судом Македонии, но не в ступил в силу, так как архиерей покинул территорию Македонии. Еще раз этот приговор подтверждался в конце 2010 г., когда владыка Иоанн был задержан по международному запросу на территории Болгарии. Но в начале 2011 г. болгарские власти приняли решение не выдавать иерарха македонской стороне. В конце декабря 2011 г. владыка Иоанн добровольно сдался македонским властям.