Малабарская Церковь, по преданию, восходит к общинам, основанным в Индии ап. Фомой на т.н. Малабарском берегу. В V в. организационно принадлежала к несторианскому Селевкийско-Ктесифонскому Патриархату, влияние которого в Аравии и Сев. Индии было доминирующим. Тем не менее "христиане ап. Фомы" не стали несторианами. После разгрома Сев. Индии Тамерланом в кон. XIV в., Малабарское побережье было открыто португальцами (1489 г. Васко-да-Гама) и началась принудительная латинизация (Собор в Диампере, 1599 г.). Это привело к расколу 1653 г., когда наибольшая часть Малабарских христиан отделилась от навязанной им испанцами унии и присоединилась к Сиро-Яковитской Церкви, которая доминировала на севере (1665). Эта объединённая Церковь носит теперь название Сирийская Православная Церковь Индии. Возглавляет Её Патриарх-Католикос Востока святейший Василий Мар Фома Матфей I (резиденция в Коттаяме).