19.11.2009 35-летний священник Даниил Сысоев был застрелен неизвестным в храме св. Фомы, расположенном по адресу улица Москворечье, дом 4, поздно вечером 19 ноября. Преступник в маске зашел в храм, где еще находились прихожане, и громко спросил настоятеля по фамилии. Когда батюшка вышел, злоумышленник, молодой человек, предположительно, кавказец, выстрелил ему в голову и грудь из пистолета калибра 9 мм, а также ранил в грудь помощника настоятеля 41-летнего Владимира Стрельбицкого, после чего пешком скрылся с места преступления. Оба священнослужителя были доставлены прихожанами на машинах в близлежащую больницу, где Сысоев скончался на операционном столе.
Как заявил агентству РИА Новости прибывший в храм руководитель следственного управления СКП РФ по Москве Анатолий Багмет, по основной версии убийство, по факту которого возбуждено уголовное дело, было совершено на религиозной почве. По заявлению источника в правоохранительных органах столицы, наиболее вероятной версией убийства является его миссионерская деятельность среди неправославного населения.
Источник "Интерфакса" добавил, что в последнее время отец Даниил получал угрозы по телефону и электронной почте о физической расправе от некой экстремистской организации, из-за чего даже обращался в ФСБ. "Последняя угроза поступила Сысоеву в начале октября. Неизвестный позвонил ему и заявил, что он приговорен к смертной казни", - рассказал собеседник агентства. По одной из версий, батюшка мог быть убит представителями секты так называемых "родноверов", язычников. Как установили следователи, незадолго до преступления убийца позвонил на мобильный телефон отцу Даниилу, чтобы удостовериться, будет ли он в храме.
Иерей Даниил Сысоев был известен как богослов, находившийся в постоянном диспуте с экстремистскими направлениями ислама. Он являлся автором таких трудов, как "Брак с мусульманином" и "Православный ответ исламу". Отец Даниил основал в Москве школу уличных проповедников, а также помогал в организации таких же школ в Саратове, Ульяновске и Мурманске. Первые угрозы он начал получать еще четыре года назад после публичного диспута с бывшим православным священником Вячеславом Полосиным, принявшим ислам. У Даниила Сысоева остались жена и трое детей. Храм святого Фомы считается временным и стоит на месте будущего храма пророка Даниила на Кантемировской.