13.07.2009 7 июля, в день Рождества Иоанна Предтечи и накануне памяти преподобного Киприана Святогорского, в Святогорской Лавре были обретены мощи первого настоятеля Святогорской Пустыни по ее возобновлении в 1844 г. архимандрита Арсения (Митрофанова) и мощи подвижника и прозорливца прп. Исаакия (Головина).
По благословению наместника Свято-Успенской Святогорской Лавры епископа Святогорского Арсения братией Всехсвятского скита во главе со скитоначальником архимандритом Амвросием (Бобровым) были предприняты раскопки для обнаружения братских погребений на Всехсвятском кладбище и установка на могилах крестов.
Прямо за алтарем Всехсвятской церкви на глубине около метра братией был обнаружен кирпичной свод, разобрав который они увидели небольшой деревянный ящик, завернутый в ткань. О случившимся сразу же доложили наместнику. Вечером 7 июля епископ Арсений прибыл на территорию скита. В открытом гробу было обнаружено монашеское погребение, на дне которого найдена стеклянная бутылка с листком бумаги, закрытая пробкой. В обнаруженной записке был следующий текст:
Тотчас весть об этом события облетела монастырь и вся братия собралась на совместную молитву во Всехсвятский скит. Епископом Арсением был отслужен молебен прпп. Арсению и Исаакию Святогорским, после чего Владыка поведал братии историю обретения мощей и зачитал записку о. Михаила. Затем приступили к поднятию мощей. При этом вся братия засвидетельствовала сильное благоухание, исходившее от мощей.
Далее приступили к поиску мощей прп. Исаакия. Гроб оказался очень глубоко. Мощи святых преподобных Арсения и Исаакия были положены в гробы и перевезены в ризницу. В скором времени мощи будут положены в Успенском соборе для всеобщего поклонения.
По словам наместника Свято-Успенской Святогорской Лавры Преосвященнейшего Арсения, епископа Святогорского, "открытие мощей двух преподобных отцев-подвижников Святых Гор - это свидетельство великой милости Божией. Год назад сонм архипастырей и народ Божий прославили в Святогорской Лавре собор святых отцев, иже во Святы Горах на Донце подвизавшихся. Ко времени прославления братия монастыря располагала сведениями и открыла мощи нескольких насельников. Судьба остальных мощей оставалась неизвестной, а вероятность их обретения была ничтожно малой. Обретение мощей святых преподобных Арсения и Исаакия есть свидетельство промысла Божия о Церкви и Святых Горах".