21.08.2008 В Ниловой пустыни при раскопках были раскрыты остатки церкви, построенной на месте пещеры Нила Преподобного. Церковь была двухуровневая, освященная во имя св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна и Покрова Пресвятой Богородицы, построена в 18 веке.
В годы гонений монастырь был закрыт, здания приспособлены под другие нужды, а в отношении Покровской церкви было принято самое жестокое решение – разобрать и пустить на строительство дамбы, которая соединяет остров с полуостровом Светлицей.
В 1997 году силами и за счет средств Общероссийского общественного движения «Россия Православная» был установлен крест на месте кельи и принято решение о восстановлении утраченного храма. Идет сбор средств и одновременно ведется расчистка от завалов сохранившегося фундамента.