11.03.2018 11 марта 2018 года, в Неделю 3-ю Великого поста, Крестопоклонную, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин великого освящения храма святых мучеников Михаила и Феодора Черниговских Патриаршего Черниговского подворья в Москве и возглавил Божественную литургию св. Василия Великого в новоосвященном храме.
Его Святейшеству сослужили: митрополит Волоколамский Иларион, председатель Отдела внешних церковных связей, ректор Общецерковной аспирантуры и докторантуры имени святых равноапостольных Кирилла и Мефодия (ОЦАД); архиепископ Солнечногорский Сергий, руководитель Административного секретариата Московской Патриархии; протопресвитер Владимир Диваков, секретарь Патриарха Московского и всея Руси по г. Москве; протоиерей Николай Кречетов, благочинный Москворецкого округа г. Москвы; иеромонах Иоанн (Копейкин), проректор по учебной работе ОЦАД; священник Димитрий Сафонов, секретарь Ученого совета ОЦАД; иеромонах Николай (Оно), инспектор ОЦАД; иеромонах Павел (Черкасов), помощник проректора ОЦАД по учебной работе; протоиерей Андрей Марущак, клирик Храма Христа Спасителя г. Москвы; учащиеся ОЦАД архимандрит Синесий (Викторатос) (Элладская Православная Церковь) и игумен Георгий (Станкович) (Сербская Православная Церковь); духовенство г. Москвы.
В дар новоосвященному храму Святейший Владыка передал икону Божией Матери «Неопалимая Купина».
Храм святых мучеников Михаила и Феодора возведен в память о встрече мощей Черниговских чудотворцев, их честные мощи по повелению царя Ивана IV в 1578 году были перенесены в Москву. Вместе с митрополитом Московским, боярами и простым народом государь встречал мощи на территории современного Патриаршего Черниговского подворья, у стен храма Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором. Место было выбрано не случайно: рядом проходила дорога из Москвы в Золотую Орду, где погибли князь Михаил и боярин Феодор (ныне ― улица Большая Ордынка).
Мощи были положены в храме в честь Черниговских чудотворцев в Кремле, близ Тайницких ворот. В 1774 году по повелению императрицы Екатерины Великой мощи перенесли в Архангельский собор, где они пребывают и поныне.
В память о встрече мощей был возведен сначала деревянный храм в честь Черниговских чудотворцев, первое упоминание о котором относится к 1625 году. Храм приписали к церкви Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором. В 1675 году на средства купчихи Иулиании Ивановны Малютиной на его месте выстроили каменный пятиглавый однопрестольный храм. Этот храм дал название Черниговскому переулку, соединяющему Большую Ордынку и Пятницкую улицы, а также Патриаршему Черниговскому подворью ― одному из самых красивых церковно-культурных комплексов Замоскворечья.
Храмы Черниговского переулка не избежали печальной участи многих храмов и монастырей после революции. Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи был закрыт в 1917 году, храм Черниговских чудотворцев ― вскоре после него. С 1924 года в здании храма Черниговских мучеников находился молитвенный дом баптистов, в 1934-1977 годах ― склад.
В 1969 году крупный специалист по истории московских храмов М.Л. Богоявленский так описывал состояние храма святых Михаила и Феодора Черниговских: «Церковь в настоящее время обезглавлена, штукатурка местами отвалилась, колокольня покрашена, позолоты нет. Внутри помещается "Управление продовольственными товарами. Райторготдел Советского района"».
Во второй половине 1970-х годов, когда столица СССР готовилась к приему иностранных гостей в связи с предстоящими Олимпийскими играми 1980 года, в городе проводились масштабные реставрационные работы. Отреставрировали и храмы подворья вместе с отдельно стоящей колокольней в Черниговском переулке. На храме Черниговских мучеников покрыли изумрудной черепицей главы, раскрыли завершение с кокошниками. Стены обоих храмов были оштукатурены и побелены, трапезная и колокольня ― покрашены. Реставрационные работы продолжались вплоть до 1984 года.
Последним владельцем храмов было Министерство промышленности стройматериалов СССР.
В 1991 году храм Черниговских мучеников был возвращен Русской Православной Церкви. 3 октября 1993 года состоялось его освящение.
После передачи в 2010 году Черниговского подворья Общецерковной аспирантуре и докторантуре имени святых Кирилла и Мефодия началась комплексная реставрация храмов и прилегающих к ним зданий.
3 октября 2017 года ректор Общецерковной аспирантуры и настоятель подворья митрополит Волоколамский Иларион совершил в храме Черниговских мучеников первую за почти сто лет Божественную литургию.