25.12.2016 22 декабря 2016 года руководитель Рособрнадзора С.С. Кравцов подписал приказ № 2163 о государственной аккредитации образовательной деятельности религиозной организации — духовной образовательной организации высшего образования «Оренбургская духовная семинария Оренбургской епархии Русской Православной Церкви».
По благословению митрополита Оренбургского и Саракташского Вениамина Оренбургская духовная семинария прошла процедуру государственной аккредитации на предмет соответствия уровня реализуемых ею образовательных программ федеральным государственным образовательным стандартам по теологии, а также на предмет соответствия этим стандартам содержания и качества подготовки выпускников духовной семинарии.
Наличие свидетельства о государственной аккредитации дает Оренбургской духовной семинарии право предоставлять при поступлении абитуриентам льготы, предусмотренные законодательством Российской Федерации, а студентам очной формы обучения предоставлять отсрочку от призыва на срочную военную службу. Теперь Оренбургская духовная семинария будет выдавать своим выпускникам диплом о высшем профессиональном образовании государственного образца, который дает право в дальнейшем на поступление в магистратуру, а также признается работодателями как государственных, так и негосударственных учреждений.