02.06.2014 31 мая 2014 года на Белгородской земле состоялось событие особой духовной важности — мощи белгородского архиерея священномученика Никодима (Кононова) крестным ходом перенесены к месту их обретения в Свято-Троицкий храм г. Белгорода.
Именно на этом месте находился разрушенный большевиками Свято-Троицкий кафедральный собор, где почти столетие назад нес свое архипастырское служение епископ Никодим. Теперь обретенные на этом месте при раскопках святые мощи будут постоянно находиться в храме Святой Живоначальной Троицы.
Торжества начались с крестного хода из Спасо-Преображенского кафедрального собора. Участие в нем приняли благочинные и духовенство Белгородской митрополии, а также множество белгородцев. Возглавили шествие митрополит Белгородский и Старооскольский Иоанн и епископ Губкинский и Грайворонский Софроний. Направился крестный ход к недавно открытому зданию Белгородской митрополии, у входа в которое архиереи и духовенство совершили Божественную литургию.
На малом входе, в соответствии с Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, во внимание к миссионерским трудам и ревностное пастырское душепопечительство протоиерей Димитрий Лукьянов был удостоен права ношения палицы.
Обращаясь с архипастырским словом к верующим, митрополит Белгородский и Старооскольский Иоанн, в частности, сказал: «Несмотря на все препятствия, здесь начали раскопки перед строительством здания Белгородской митрополии. По промыслу Божиему, нам были явлены святые мощи нашего епископа новомученика Никодима. Это событие было венцом тех духовных поисков, которые на протяжении XX и начале века XXI духовенство и миряне духовно готовили. В этом смысл тайны Божией, когда Господь являет нам чудеса — а обретение святых мощей иначе не назовешь — в трудные времена для нашего укрепления. И перенесение его мощей к месту их обретения именно сегодня тоже неслучайно. Завтра, 1 июня, мы с вами будем отмечать праздник Собора новомучеников и исповедников земли Белгородской. Эти люди приняли свою мученическую кончину за веру, за истину».
Митрополит Иоанн напомнил, что этот праздник значит лично для него: «Когда меня нарекали во епископа Белгородского, я выразил надежду на то, что святитель Никодим все-таки будет прославлен. И ныне Господь сподобил меня, будучи архиереем на Белгородской кафедре участвовать в обретении и прославлении его святых мощей». В заключение владыка Иоанн поздравил всех с историческим событием.
Участие в торжествах приняли губернатор Белгородской области Евгений Савченко, председатель областной Думы Иван Кулабухов, мэр Белгорода Сергей Боженов, члены правительства региона.
По окончании богослужения у раки с мощами святого была прочитана молитва, в которой верующие просили у священномученика Никодима предстательства пред Господом о Святом Белогорье и его жителях. Отныне рака с мощами епископа Никодима будет находиться в Свято-Троицком храме. Храм открыт ежедневно с 9.00 до 17.00, вход с обратной стороны здания.
В первых числах ноября 2012 года во время раскопок у строящегося здания Белгородской митрополии на глубине около полутора метров от поверхности земли был обнаружен склеп, сооруженный из красного керамического кирпича. В непосредственной близости от склепа находится стеклянный купол над пещеркой святителя Иоасафа и выложенные желтой тротуарной плиткой очертания фундамента бывшего Троицкого собора, что позволило сделать заключение о том, что склеп расположен у северной стороны храма.
В склепе был обнаружен гроб с останками человека в архиерейском облачении. Большинство обнаруженных в захоронении останков и предметов обследованы специалистами, были проведены соответствующие экспертизы, подтвердившие, что обретены мощи священномученика епископа Белгородского Никодима (Кононова).
По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, днем обретения мощей считается 2 ноября (по новому стилю).
24 марта 2013 года, в неделю 1-ю Великого поста, Торжества Православия, рака с мощами была вынесена для поклонения верующих и с тех пор находилась в Спасо-Преображенском кафедральном соборе. Позже было принято решение о перенесении святых мощей к месту их обретения.