29.11.2012 28 ноября 2012 года на заседании Ученого совета Российского православного института святого Иоанна Богослова, входящего в структуру Российского православного университета, было принято решение о создании факультета теологии.
Из состава факультета религиоведения, этнокультурологии и регионалистики вуза будет выделен ряд подразделений, обеспечивающих подготовку специалистов по направлению «Теология». Основной задачей новосозданного факультета станет обеспечение образовательного модуля по основам теологии и церковной истории на всех специальностях и направлениях подготовки в РПУ.
Деканом факультета теологии решением Ученого совета назначен ректор РПУ, доктор богословия игумен Петр (Еремеев).
В рамках факультета теологии создано две кафедры: теологии и истории теологической мысли, истории Церкви и канонического права.