18.09.2012 18 сентября 2012 года завершилось пребывание предстоятеля Русской Православной Церкви в Японии. Первосвятительский визит патриарха Московского и всея Руси Кирилла был приурочен к сотой годовщине преставления равноапостольного Николая Японского.
В аэропорту патриарха провожали митрополит Токийский и всей Японии Даниил, архиепископ Сендайский Серафим, клирики Японской Автономной Православной Церкви, настоятель подворья Русской Православной Церкви в Токио протоиерей Николай Кацюбан, Посол Российской Федерации в Японии Е.В. Афанасьев.
Первосвятительский визит в Японскую Автономную Православную Церковь начался 14 сентября с посещения Хакодате, откуда святитель Николай начал свою миссию на Японских островах. Из аэропорта предстоятель Русской Православной Церкви направился в Воскресенский храм города Хакодате — первый православный храм в Стране восходящего солнца. В храме владыка возглавил молебен святому равноапостольному Николаю.
В этот же день Его Святейшество посетил могилы соотечественников, похороненных на Иностранном кладбище Хакодате. Перед памятным крестом, который был установлен в центре русского участка кладбища, Патриарх Кирилл совершил заупокойную литию, после чего было совершено освящение креста.
15 сентября патриарх Кирилл прибыл в город Сендай, расположенный к северу от Токио на острове Хонсю. В Благовещенской церкви — кафедральном храме Сендайской епархии — владыка совершил молебен святому равноапостольному Николаю Японскому. Настоятелям приходов Сендайской епархии, которые пострадали в прошлом году от землетрясения и цунами, были вручены сертификаты на бесплатное получение церковной утвари, изготовленной художественно-производственным предприятием «Софрино».
Святейший Владыка посетил район Арахама в Сендае на побережье Тихого океана. 11 марта 2011 года этот район был затоплен вследствие цунами, многие местные жители погибли. У памятника жертвам стихийного бедствия Предстоятель Русской Православной Церкви совершил заупокойную молитву по погибшим. Затем Его Святейшество возложил к мемориалу цветы и прошел к берегу океана, откуда полтора года назад пришла разрушительная волна. Клирик Подворья Русской Православной Церкви в Токио протоиерей Иоанн Нагая рассказал Святейшему Владыке, какие разрушения произошли в этом месте.
В тот же день Его Святейшество встретился с мэром Сендая Эмико Окуямой.
16 сентября, в неделю 15-ю по Пятидесятнице, патриарх Московский и всея Руси Кирилл возглавил Божественную литургию в Воскресенском кафедральном соборе Токио в сослужении митрополита Токийского и всей Японии Даниила и собора архипастырей.
Священный Синод Русской Православной Церкви, учитывая огромное значение, которое имеет в истории Православия подвиг святого просветителя Японии, принял решение учредить орден равноапостольного святителя Николая, архиепископа Японского. Первый такой орден I степени патриарх Кирилл вручил митрополиту Даниилу. Орденом святителя Николая Японского II степени был награжден архиепископ Сендайский Серафим, ордена и медали также были вручены ряду японских клириков и мирян.
На токийском кладбище Янака у гробницы равноапостольного Николая Японского Предстоятель Русской Церкви совершил молебен просветителю Японии. Затем патриарх совершил заупокойную литию по православным архиереям, похороненным в этом же месте, — митрополитам Сергию (Тихомирову, 1871-1945) и Феодосию (Нагасиме, 1935-1999), а также по епископу Николаю (Оно, 1872-1956). Заупокойные молитвы были вознесены и о других архипастырях, несших свое служение в Японии в течение ХХ века.
В ходе первосвятительского визита в Японию патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил подворье Русской Православной Церкви в Токио. В Александро-Невском храме Предстоятель возглавил молебен святому благоверному князю Александру.
16 сентября в Токио общественности был представлен японский перевод книги патриарха Московского и всея Руси Кирилла «Свобода и ответственность: в поисках гармонии. Права человека и достоинство личности», а также книги «И вечный бой…». Подготовку и издание переводов осуществил Отдел внешних церковных связей Московского Патриархата при содействии группы компаний «Метрополь». Тираж передан в качестве благотворительного дара Японской Автономной Православной Церкви, а вырученные от его продажи средства будут пущены на восстановление пострадавших от природной катастрофы марта 2011 года православных храмов.
Вечером в токийском отеле «Окура» в честь патриарха Московского и всея Руси Кирилла был дан прием от имени Японской Автономной Православной Церкви.
18 сентября, в завершающий день визита, Предстоятель Русской Православной Церкви встретился с Чрезвычайным и Полномочным Послом Российской Федерации в Японии Е.В. Афанасьевым.
По благословению патриарха Кирилла председатель Отдела внешних церковных связей митрополит Волоколамский Иларион вручил церковные награды ряду сотрудников российского Посольства, содействовавшим в подготовке визита Его Святейшества и оказывающим помощь Японской Автономной Православной Церкви.
Патриарх Московский и всея Руси Кирилл также наградил ряд православных мирян, принявших участие в переводе на японский язык и издании его книги «Свобода и ответственность: в поисках гармонии. Права человека и достоинство личности», а также книги А.А. Хлопецкого «И вечный бой…».
В этот же день состоялась встреча владыки с Премьер-министром Японии Ёсихико Нода.
В завершение визита патриарх Московский и всея Руси Кирилл встретился с Императором Японии Акихито.
Итогам первосвятительского визита был посвящен брифинг в токийском отеле «Нью Отани», на котором патриарх ответил на вопросы представителей средств массовой информации.